連結
行內連結
最常用的是行內寫法：方括號放連結文字，圓括號放網址。
[線上編輯器](https://mdeditor.tw/)
相對路徑的寫法完全相同（[使用指南](/markdown-guide)），同頁錨點也是（[見下文](#images)）。
兩個常見錯誤要注意。網址裡的空格會讓連結斷掉，請改寫成 %20 或把整個網址用角括號包起來；新手也常把方括號和圓括號的順序寫反，開著預覽窗格就會當下現形。連結語法專頁還談到錨點、相對路徑與怎麼寫連結文字。
加上標題文字
網址後面可以再加一段用引號包住的標題，滑鼠停留時會顯示：
[線上編輯器](https://mdeditor.tw/ "免費線上 Markdown 編輯器")
標題很容易被濫用。它在觸控裝置上根本看不到，多數螢幕閱讀器也會略過，更不能拿來取代「本身就說清楚要連去哪裡」的連結文字。請只在真的有額外資訊要補充時才用。
參考式連結
當同一個網址在文件裡重複出現，或冗長的網址讓內文難以閱讀時，改用參考式連結：內文裡只寫簡短的標籤，網址在文件任何地方定義一次即可，慣例是放在文末。
[使用指南][docs] 和 [常見問題][docs] 都有說明。
[docs]: https://example.com/documentation "專案文件"
兩種寫法的渲染結果一模一樣，差別只在原始檔的整潔度。標籤不分大小寫；第二對方括號留空的話，連結文字本身就會當成標籤，例如 [docs][]。
定義那幾行不會出現在輸出裡。如果標籤沒定義，它會原樣顯示成方括號文字，那就是你打錯字的線索。
自動連結
想讓一個網址原樣顯示又能點擊，用角括號包住即可，例如
而 GFM 更進一步，連角括號都不用，貼上網址就自動變成連結。這份方便在你不想要連結時就成了困擾：把網址用反引號包成程式碼，或把開頭的字元跳脫掉，就能維持純文字。
註腳
註腳把參考式的概念用在內文上：句子裡只放一個小標記，內容定義在檔案其他地方。要放標記的位置寫 [^1]，再另起一行定義它：
Markdown 於 2004 年發表。[^1]
[^1]: 由 John Gruber 設計，Aaron Swartz 也參與了討論。
渲染器會把所有定義收集到頁面底部的註腳區，並自動補上回到標記的連結。編號一律依正文出現的順序自動產生，和你寫的標籤無關，所以 [^pricing-note] 和 [^2005-revision] 一樣會輸出成 1、2、3。
用有意義的名稱當標籤比用數字好維護：在草稿中間插入新註腳時，其他註腳都不必手動重編號。
麻煩的是相容性。註腳既不在原始 Markdown 規格裡，也不在 CommonMark 裡，它是一項擴充語法。GitHub、GitLab、Obsidian 與 Pandoc 都能渲染；Reddit、Discord 和純 CommonMark 解析器則會忽略它，把方括號原樣印出來。註腳完整說明另外整理了多段落註腳的寫法、各平台支援對照表與不支援時的替代做法。