牡丹江是由满语“穆丹乌拉”转变为汉语的，“穆丹”在满语中是“弯曲”的意思，“乌拉”是江的意思。牡丹江的名字实际上是“弯弯曲曲的江”。
牡丹江市的历史悠久，自商朝直到隋朝的二千三百多年间一直是满族人的先祖肃慎、挹娄、勿吉的世居地。唐代时期该地属于渤海国五京之首上京龙泉府，亦是全國首都，城市整體佈局仿造鄰國大唐長安而建，占地亦達到了十六平方公里，分外城、內城和宮城。外城為土牆，內城為石牆，宮城為玄武岩牆。五座迴廊相連的大殿排列在南北軸線上。渤海國曾被稱之為“海東勝國”，經濟鼎盛一時，是曾與大唐關係，交流最為密切的國家之一。當時渤海國與朝鮮半島關係緊密，渤海人自稱自己為高句麗的繼承人，而渤海國與朝鮮半島則被外間稱之為“南北國”。
926年渤海國被契丹所滅後，其北部領土被契丹吞併，部分南部領土則被高麗吞併。
遼代属于上京胡里改路，金代和元代则属万户府直辖，明代和清代是宁古塔将军和吉林将军所管辖地方。由于清代朝廷一直以“祖宗发源之圣地”为由实行禁止垦荒政策，直到1898年沙俄修筑中东铁路，设立了牡丹江火车站，才开始发展。
俄治時期
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1914年，牡丹江彙聚了一批來自日本，俄國，英國，法國和丹麥等地的商人，並開始出現外國銀行以及洋行，其中法國利豐公司，英國華英公司，俄国宝隆洋行，丹麦宝隆洋行分別在牡丹江設置代銷處，令城市商業蓬勃發展[2]1923年2月，五四運動組織者之一的馬駿回到牡丹江組織地下傳媒開始傳播新文化，對當時牡丹江市的青年一代影響至深。1925年，日本佐佐木公司在牡丹江開設鴉片館，是牡丹江市出現的第一個鴉片館。
1929年7月，“中東路事件”爆發，中華民國政府於7月7日對蘇聯宣戰，調國民革命軍師長郑泽生在牡丹江設防，并在新立屯建設飛機場，有飛機三架，是牡丹江市的第一個機場，但該年10月即被蘇聯空軍炸毀，全部飛機均報廢[3]。
1942年的「汇通银座」（现解放路）
日占时期
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满洲国时期，牡丹江一带是抗日联军将领周保中领导的抗联第2路军活动的地方，著名的抗联女战士“八女投江”就发生在牡丹江境内林口县。在九一八事变后，周保中率部戰敗，牡丹江成為日本的殖民地，為掠奪牡丹江市周邊的大量木材煤炭等资源，进一步加强铁路建设，牡丹江站因位于“满州里—绥芬河”“图们—佳木斯”绥满图佳两条铁路线的交叉点，成为重要的交通枢纽，幷於1937年12月建市，成为满洲国的一个省会。
1938年10月15日，日本在牡丹江市設立領事館，將牡丹江市的級別提升爲滿洲國的特別市，并設立满洲纸浆株式会社，满洲真空株式会社和鏡泊湖水利發電所，牡丹江的政治和經濟地位在此後大為提升。1940年3月1日，日语報紙《东满日日新闻》在牡丹江市創刊發行，成為牡丹江市歷史上的第一份報紙，同年8月1日，中文版發行。1943年7月，滿洲國政府在牡丹江市設立滑翔機研究所及訓練場，即現在的海浪機場雛形。
1945年8月8日，蘇聯對日宣戰，并迅速突破過境，佔領綏芬河、東寧等地，直逼牡丹江市中心。8月10日夜間，日本在牡僑民大量撤退，造成牡丹江火車站混亂，政府出動軍隊維持秩序，但依舊造成多人死傷。8月9日-8月13日蘇聯空軍多次對市區進行轟炸，大量政府機構被炸毀，其中包括日本駐華領事館；并造成市民的大量傷亡。8月14日蘇聯紅軍進入牡丹江市區，並在16日完全佔領牡丹江市。
牡丹江在日治滿洲國期間經濟發展迅速，目前的大多數城市基礎建設，包括自來水淨水管道，城區電力系統佈局，工廠雛形均為日本規劃設計，在1930年代逐漸成為東北地區東北部的政治，經濟和文化中心。
第二次国共内战时期
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1947年－1949年，牡丹江市為松江省省會
1945年8月，苏联军队发起八月风暴行动，随后攻入东北地区。8月15日，日本无条件投降。8月16日，苏军攻占牡丹江市。这是苏军在东北攻占的第一个城市[4]。此后，随着满洲国政府垮台，国民政府和中国共产党开始对东北地区的争夺。中共军队的李荆璞、金光侠部随苏军进入牡丹江市。国民政府试图接管牡丹江市、成立牡丹江市政府被中共阻止，未能成功。10月14日，成立牡丹江市人民政府，李荆璞任市长[4]。
1946年3月，苏军撤回苏联，国民政府增兵东北。4月，中共政权成立了绥宁省，后改牡丹江省，省会设在牡丹江市。5月15日，国民政府方面发动牡丹江暴动，暴动被中共所挫败。1947年8月15日，牡丹江廣播電臺成立并開始向全境播音，後於1949年併入牡丹江人民廣播電臺。1948年10月牡丹江市并入松江省，牡丹江市亦成為松江省的省会。1949年，中华民国政府在第二次国共内战中失败撤退至台灣，共产党在中国大陆建立中华人民共和国政府，牡丹江作为最早的中共占领地之一，其松江省的省會行政地位并没有发生变化。
中华人民共和国时期
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1954年6月19日，松江省被調整并入黑龙江省，牡丹江被撤銷省會行政級別后成為黑龍江省的一個地级市。1956年3月5日，國務院设立了牡丹江市专员公署，專屬機關駐牡丹江市。1967年1月16日市委和市政府被紅衛兵造反派接管，同月18日地委和专署亦被奪權，牡丹江市陷入無政府狀態。1968年2月6日，省革委决定，牡丹江地革委与牡丹江市革委机构合并，撤消牡丹江市建制。称“牡丹江地区革命委员会”，辖1个市11个县一个区。2月21日，地市公安局、检察院、法院机关開始实行军管，成立“牡丹江地区公安机关军事管制委员会”，城市司法系統被徹底打亂。
1969年3月，珍寶島事件爆發，牡丹江市作為中方最前線城市，被派駐大量解放軍陸軍以及裝甲師駐紮，陳錫聯部署瀋陽軍區空軍部隊將海浪機場先後兩次進行擴建，並派駐解放軍空軍第21殲擊師以及空軍雷達第六旅駐紮，海浪機場至此成為中華人民共和國最重要的邊防空軍基地之一。1972年5月，牡丹江電視臺開始試播，并首次開始自製節目，是黑龍江省的第一個市級電視臺。1973年9月1日，地市再次被分设，恢復牡丹江市建制，地革委會成為最高權力機構。1983年10月根据中华人民共和国国务院决定，地市再次合并，撤销地区行政公署，实行市带县的领导体制。而这一套体制至今仍在延续。